Amélie é uma garotinha que mora em Kobe, Japão, com sua família belga no final dos anos 1960. Até os dois anos e meio, ela vive num estado vegetativo, sem se mover, falar ou comunicar-se de qualquer forma com seus pais, seu casal de irmãos ou qualquer outra pessoa. À sua volta, a vida acontece, o tempo passa, mas nada parece afetar seu olhar fixo ou sua imobilidade.

Mas, tudo muda quando a avó chega para uma visita trazendo chocolate belga. Ao experimentar um pedaço do doce, Amélie subitamente se torna uma criança como as outras, não apenas falando, mas conversando com proficiência. Aos dois anos e meio, sua vida começa de fato e vamos acompanhá-la até seu terceiro aniversário.

Baseado no livro autobiográfico A Metafísica dos Tubos, de Amelie Nothomb, o longa parte da ideia de que as crianças estão cientes de tudo o que as cerca muito antes de terem o vocabulário ou a capacidade para comentarem a respeito do que percebem ou sentem. Três anos é também, na cultura japonesa, o momento que marca o início de uma nova fase para as crianças, data festejada e repleta de tradição.

Colorida, magnética, a animação em 2D mistura os estilos europeu e japonês em imagens sem contornos e por vezes difusas, enquanto acompanhamos Amélie em sua curiosidade imensa que a leva até ao fundo do oceano e também em sua conexão com Nishio, a empregada da família. Amizade que irrita a vizinha e proprietária da casa, a sra. Kashima, uma mulher traumatizada pela guerra e que vê os estrangeiros como inimigos, invasores e responsáveis por suas perdas.

São esses elementos de choque de gerações e culturas que tornam Amélie, embora doce e gentil, um filme não adequado a crianças. Mesmo não se aprofundando muito na história da sra. Kashima, sua dor é palpável e sua reticência para com os estrangeiros, compreensível. Tanto quanto a aproximação de Nishio e Amélie, destinada ao rompimento quando a temporada da família no Japão terminar.

Mais centrado em sensações do que em narrativa, principalmente durante o período em que Amélie ainda não se comunica e pensa que o mundo gira à sua volta, A Pequena Amélie é um triunfo visual e também de sentimentos que acabam por romper barreiras e formar conexões.